故事发生在日本镰仓时代。因为被哥哥源赖朝所追杀，源九郎义经与武藏坊弁庆两人流浪到了山中。在此时，两人偶然来到了一名叫黑蜜的独居美少女的家中。九郎慢慢与黑蜜产生了男女之情。某一天却意外发现了这位少女隐藏的惊人秘密——其实她是一个不老不死的吸血鬼。
由于九郎迷恋黑蜜，似乎让弁庆产生了嫉妒之心，导致他背叛了九郎而重新投向镰仓政府。被追兵重伤后濒死的源九郎接受了黑蜜所施的血的交换仪式，自己也成为了吸血鬼。但在完全成为吸血鬼前，九郎被背叛的弁庆割掉了首级。弁庆在砍掉源九郎的首级的时候，由于意外吞下九郎的血，也成为了一个不死但会衰老的人。而九郎作为一个吸血鬼的不完全体，必须每隔百年就要用新的身体来代替老化的身体。而每次换身体的时候九郎还会记忆全失，唯一能够恢复记忆的时候是在只有首级的状态下。
为了揭开黑蜜不老不死的秘密，从唐朝开始就世代追寻九郎与黑蜜的秘密的组织、经过了数百年仍然没有停止行动。……时光飞逝、从镰仓、室町、战国、江户、明治、大正、昭和、平成直至近代的时间旅行就这样继续着……
